Принцип біологічної класифікації – визначення рівня схожості між організмами на основі спільних еволюційних ознак.

Принцип філогенетичної класифікації – групування організмів з урахуванням їхньої генетичної спорідненості та еволюційного походження.

Принцип систематичної класифікації – розподіл організмів на таксономічні категорії від більш загальних до більш конкретних.

Принцип відображення філогенії – врахування історії еволюції організмів при їх класифікації для кращого відображення їхнього родинного зв'язку.

Принцип стабільності номенклатури – використання стійких та уніфікованих назв для класифікації організмів з метою уникнення плутанини та непорозумінь.