Генотип может изменяться в мутационной изменчивости, где изменения происходят в генетической последовательности (ДНК) организма из-за мутаций. В комбинативной изменчивости генотип также может изменяться, когда новые комбинации генов образуются в результате скрещивания или спаривания различных организмов. Однако в модификационной изменчивости генотип не изменяется, поскольку модификации, такие как изменения в окружающей среде, не влияют на генетический материал организма.