Прокаріотична клітина відрізняється від еукаріотичної клітини наступними особливостями:

Прокаріотичні клітини не мають ядра, вони мають нуклеоїд - недиференційовану область цитоплазми, де знаходиться генетичний матеріал.

Прокаріотичні клітини не мають органел, які були б оточені мембраною, таких як мітохондрії, хлоропласти або ендоплазматичне ретикулум.

Прокаріотичні клітини мають різні рибосоми з більш низькими швидкостями відтворення.

У прокаріотичних клітинах клітинна стінка зазвичай формується з пептидоглікану, в той час як у еукаріотичних клітинах вона може бути зроблена з різних матеріалів, таких як целюлоза або хітин.

Отже, основна відмінність між прокаріотичною та еукаріотичні клітинами полягає у будові клітини: прокаріоти не мають мембранообгорнутих органел, ядро та абсолютно відсутні у них цитоскелет.