Половая система у плоских червей является гермафродитной, то есть каждый червь обладает как мужскими, так и женскими половыми органами. У плоских червей встречаются яичники и семенники, а также различные типы женских и мужских желез. Плоские черви могут самооплодотворяться или спариваться с другими червями для оплодотворения яиц.