Голосеменные растения размножаются семенами, которые содержат эмбрион и запас питательных веществ. Папоротники, напротив, размножаются спорами, которые образуются на спорангиях.

У голосеменных растений происходит оплодотворение семени, когда пыльцевая зерна попадают на завязь и образуют эмбрион. У папоротников оплодотворение происходит водорастительным путем, когда сперматофоры пеплениц со сперматозоидами попадают в архегонии.

У голосеменных растений эмбрион развивается внутри семени, после чего семя может быть перенесено на новое место и прорасти. У папоротников споры выбрасываются из спорангиев и разносятся ветром, водой или животными.

У голосеменных растений происходит образование плодов, которые содержат семена и защищают их от внешних воздействий. У папоротников нет плодов, споры защищены твёрдой оболочкой и способны пережить неблагоприятные условия.

Размножение голосеменных растений чаще происходит благодаря опылению, а размножение папоротников чаще происходит апомиктическим способом.