Главное отличие между эукариотическими и прокариотическими клетками заключается в наличии у эукариотических клеток ядра, в котором находится генетический материал клетки (ДНК), а у прокариотических клеток ДНК распределена по всей клетке в цитоплазме без образования специальной структуры (ядра).

Эукариотические клетки обладают более сложной организацией и структурой, также они могут содержать мембранно-организованные органеллы, такие как митохондрии, хлоропласты, гольджи, лизосомы и другие, которые у прокариотических клеток отсутствуют.