Спирогиры обычно имеют аналогичное строение, их органы преимущественно однородны. Однако, возможно выделить некоторые органы, которые могут отличаться друг от друга в зависимости от вида спирогир. Например, у некоторых видов спирогир могут быть особенности в строении вакуольной системы, форме клеток или наличии внутриклеточных включений. Также некоторые виды спирогир могут иметь специализированные клетки-репродукторы или другие органы, которые отличают их от других видов.