Є кілька механізмів, які можуть знищувати пошкоджені органели в клітинах організму. Один з найважливіших механізмів - це автофагія, процес, який включає у себе руйнівний деградацію і використання пошкоджених частин клітини чи цілих клітин для відновлення здорових структур. Іншим механізмом знищення пошкоджених органел - це зброшування, коли клітини "вбивають" власні пошкоджені органели. Також можуть бути використані різні процеси деградації білків і органелей в клітині для видалення пошкоджених структур.