ДНК ядра і ДНК мітохондрій відрізняються за кількома значущими ознаками:

Розташування: ДНК ядра розташовується у ядерці, в ядрі клітини, тоді як ДНК мітохондрій знаходиться в мітохондріях, у цитоплазмі клітини.

Кількість копій геному: Кожна клітина має багато копій ДНК мітохондрій (від кількох до кількох сотень), у той час як у ядрі є лише два копії геному.

Розмір: Геном ДНК ядра значно більший за геному ДНК мітохондрій.

Структура: ДНК мітохондрій має круглу молекулярну структуру, тоді як ДНК ядра має лінійну структуру.

Походження: ДНК мітохондрій успадковується лише від материнської лінії, тоді як ДНК ядра успадковується від обох батьків.