Мутации, сопровождающиеся кратным уменьшением количества наборов хромосом (хромосомные мутации), могут применяться в селекции с целью получения новых видов или сортов с определенными полезными признаками. Например, уменьшение числа хромосом может привести к изменениям в геноме и, как следствие, к появлению новых характеристик или усилению существующих.

Кроме того, хромосомные мутации могут использоваться для создания гаплоидных линий, которые могут быть полезными при проведении мутационного анализа, изучении рецессивных генов, а также в различных биологических и генетических исследованиях.

Также такие мутации могут быть использованы для создания новых гибридов или для усиления определенных признаков у уже существующих сортов растений или животных.