Среди небактериальных болезнетворных микроорганизмов можно выделить вирусы, грибы, простейших и паразитов. Вирусы вызывают множество инфекционных заболеваний, таких как грипп, краснуха, ВИЧ-инфекция и многие другие. Грибы могут вызывать грибковые инфекции, такие как микозы кожи, ногтей, слизистой оболочки и внутренних органов. Простейшие и паразиты также способны вызывать различные заболевания у человека, например, малярию, трихоцефалез и амебиаз.