Органом движения эвглена является длинный, гибкий жгутик, который называется флагеллем. Этот флагеллем обеспечивает эвглене возможность плавать и двигаться в водной среде. Способ движения эвглена заключается в быстрых метательных движениях флагелля и плавании в воде за счет их вибраций.