Существует несколько методов, которые применяются в селекции микроорганизмов:

Случайная мутагенез - метод, при котором микроорганизмы подвергаются случайным изменениям в их генетическом материале с целью получения мутантов с желаемыми свойствами.

Доработка мутантов - это метод, при котором мутанты, полученные в результате мутагенеза, подвергаются дальнейшим изменениям с использованием различных методов молекулярной биологии для улучшения их характеристик.

Длительное отборочное культивирование - это метод, при котором микроорганизмы выращиваются в определенных условиях длительное время для того, чтобы выделить штаммы с определенными свойствами.

Генетическая инженерия - этот метод благодаря современным технологиям можно модифицировать геномы микроорганизмов для получения штаммов с желаемыми свойствами.