Щитовник мужской размножается семенами. Во время цветения цветковые пыльцевые зерна щитовника назревают на младших папилах в большом количестве. В результате опыления развивается семя, которое зреет в конической остроконечной шишке. В шишке образуется многочисленное число пылеугорных клеток, из каждого из которых развивается по семени.