Месторасположение семязачатка: у голосеменных семязачаток (образование, из которого в последствии появится семя) лежит открыто на семенной чешуе, а у покрытосеменных семязачаток залегает под покровом мегаспоролистиков. 

Оплодотворение: у голосеменных оно одинарное, в результате образуется диплоидной зародыш, который развивается за счёт первичного эндосперма; у покрытосеменных распространено двойное оплодотворение, в конце образуется диплоидный зародыш, за счёт триплоидного вторичного эндосперма. 

У покрытосеменных могут иметься видоизмененные побеги (корневища, клубни, луковицы); у голосеменных они отсутствуют.