Штучний мутагенез може призвести до неконтрольованих генетичних змін у тварин, що може призвести до виникнення небажаних ефектів, таких як вроджені вади, хвороби чи інші негативні наслідки. Крім того, використання штучного мутагенезу може викликати етичні питання, пов'язані з життям та добробутом тварин. Тому більшість дослідників і селекціонерів вважають, що більш безпечним та етичним підходом є використання традиційних методів селекції для отримання бажаних генетичних властивостей у тварин.