Невозможность контролировать окружающие факторы: в отличие от исследований на животных, где все условия могут быть полностью контролируемы, в случае изучения наследственности человека невозможно исключить влияние различных внешних факторов, таких как окружающая среда, образ жизни, питание и т.д.

Этические ограничения: проведение исследований на человеке связано с рядом этических проблем, например, касательно конфиденциальности данных, согласия на участие в исследовании, возможного нанесения вреда участникам и т.д.

Сложность проведения контрольных экспериментов: из-за сложности контроля генетических факторов и возможных вариаций в геноме человека, проведение контрольных исследований становится сложной задачей.

Ограниченный доступ к ресурсам: доступ к генетическим данным и биологическим образцам людей может быть ограничен из-за законодательных ограничений или отсутствия согласия участников исследования.

Генетические вариации: человеческий геном обладает большим количеством генетических вариаций, что делает изучение наследственности сложным процессом из-за необходимости учета всех возможных вариантов.