Принципы гибридологического метода, разработанные Менделем, предполагают, что каждый ген управляет конкретным свойством организма, и что эти гены наследуются независимо друг от друга. Однако в реальности гены могут взаимодействовать между собой и проявлять эффекты, которые не соответствуют законам Менделя. Кроме того, у человека большинство свойств подвержены влиянию не только генетических факторов, но и внешних условий, таких как окружающая среда, образ жизни, питание и т.д. Это делает сложным искать зависимости между генотипом и фенотипом при исследовании генетики человека с использованием гибридологического метода.