Основное отличие заключается в том, что многие пресмыкающиеся обладают легкими, способными к газообмену не только во время дыхания, но и в процессе всасывания воздуха. У земноводных же газообменивающая поверхность легких увеличена за счет наличия множества мельчайших капилляров и более сложной анатомии дыхательной системы. Кроме того, у пресмыкающихся отсутствуют диафрагмальные мышцы, которые у земноводных отвечают за дыхание.