Фотосинтез у прокариот (например, у бактерий) и эукариот (например, у растений) происходит похожим образом, но есть некоторые различия.

У прокариот процесс фотосинтеза происходит в цитоплазме и мембране тилакоида, в то время как у эукариот он происходит в хлоропластах. Кроме того, у прокариот обычно используется цианиновая (аноксигенная) фотосинтез, в которой как финальный акцептор электронов используется не вода, а соединения, такие как сероводород или сульфид железа. У эукариот фотосинтез основана на процессе фотолиза воды.

Таким образом, основные различия в фотосинтезе прокариот и эукариот связаны с местом происхождения и сложностью используемых механизмов.