Неоднорідність: при розмноженні насінням може виникати велика різниця в якості і характеристиках отриманих рослин, оскільки вони можуть містити комбінації генетичних властивостей батьківських рослин.

Втрата генетичної маніпуляції: крім того, при розмноженні насінням можливо втратити певні генетичні властивості, які були важливі для батьківських рослин.

Ризик хвороб: важко контролювати ризик виникнення хвороб чи шкідників при розмноженні насінням, оскільки нові рослини можуть бути вразливі на них.

Час: процес вирощування рослин з насіння може вимагати багато часу та зусиль, особливо в порівнянні з іншими методами розмноження, наприклад, через вегетативний спосіб.

Стрес для рослин: деякі рослини можуть відчувати стрес під час процесу розмноження насінням, що може призвести до погіршення їхнього здоров'я та врожайності.