Водоросли могут быть разделены по различным признакам, включая тип клеточной структуры, способ присоединения к субстрату, наличие пигментов и другие характеристики.

Наиболее распространенное деление водорослей происходит на следующие отделы:

Зеленые водоросли (Chlorophyta)Красные водоросли (Rhodophyta)Бурые водоросли (Phaeophyta)Голубые водоросли (Cyanobacteria)

Каждый из этих отделов имеет свои уникальные характеристики и различается по морфологии, физиологии и экологии.