Паразиты, паразитирующие внутреннюю среду организма (эндопаразиты), могут обитать в различных органах и тканях, таких как кишечник, печень, легкие, сердце, почки, мозг и другие. Некоторые паразиты также могут проникать в клетки организма и размножаться внутри них. Например, малярийный паразит Plasmodium живет внутри эритроцитов крови человека.