Болезнетворные бактерии встречаются в почве, в воде, на растениях и в живых организмах (в том числе у человека). Клубеньковые бактерии обитают в почве и образуют симбиотические отношения с растениями, способствуя фиксации азота из воздуха. Молочнокислые бактерии преимущественно находятся в молочных продуктах (таких как йогурт и кефир) и в кишечнике животных и человека.