Для визначення положення генів (цис- чи транс-) під час аналізувального схрещування дигетерозиготи обов'язково необхідно враховувати, які алельні комбінації спостерігаються у нащадку. Якщо з дигетерозиготою виходить два типи гамет (або два види зародків), то можна зробити висновок, що гени знаходяться у цис-положенні, оскільки вони успадковуються разом. Якщо ж у нащадку спостерігається чотири різні типи гамет чи зародків, то можна стверджувати, що гени знаходяться у транс-положенні, оскільки вони успадковуються незалежно один від одного. Таким чином, можна визначити, чи гени успадковуються незалежною.