Углекислый газ может быть удален из амёбы через процесс дыхания. Амёба использует процесс цитоплазматического дыхания, чтобы расщеплять органические молекулы и освобождать энергию, которую она использует для поддержания жизнедеятельности. В результате дыхания углекислый газ выделяется внутри клетки и выводится наружу через цитоплазму или псевдоподии.

Также углекислый газ может быть удален через процесс осмотического регулирования, когда амёба контролирует концентрацию растворенных веществ внутри своей клетки путем откачивания излишков через цитоплазму или псевдоподии.

Кроме того, амёбы также могут избавляться от углекислого газа путем поглощения и переработки его другими организмами в окружающей среде, такими как бактерии или водоросли.