Структурные различия: Цианобактерии относятся к царству бактерий, они не имеют ядер и других внутриклеточных органоидов, в то время как одноклеточные водоросли относятся к царству растений и имеют клеточный ядро и другие органоиды.

Фотосинтез: Цианобактерии используют воду и углекислый газ для фотосинтеза, выделяя кислород, а одноклеточные водоросли также используют свет для фотосинтеза, но в отличие от цианобактерий, они обладают хлорофиллом.

Местообитание: Цианобактерии обитают в различных средах, включая воду, почву и камни, в то время как одноклеточные водоросли чаще встречаются в водных средах.

Отнесение цианобактерий к бактериям связано с их структурой и образом жизни. Ранее они назывались синезелеными водорослями из-за их способности к фотосинтезу и цвету, но после более детального изучения структуры и генетики было принято решение отнести их к бактериям из-за их проариотической природы и отсутствия хлорофилла.