Неполный круговорот веществ в агроценозе может привести к негативным последствиям для экосистемы. Например, если некоторые элементы питания не перерабатываются и не возвращаются в почву для повторного использования, это может привести к истощению почвы и ухудшению её плодородия. Также неполный круговорот веществ может привести к накоплению вредных веществ в почве и растениях, что может отрицательно сказаться на здоровье животных и людей, потребляющих эти продукты. Поэтому важно поддерживать баланс в круговороте веществ в агроценозе и использовать устойчивые методы земледелия для сохранения здоровья почвы и растений.