два основных отличия:

Голосеменные имеют специальные клетки, называемые эндоспермом, которые содержат запасную пищу для развития семени. Высшие споровые растения такой клетки не имеют.

Голосеменные обычно имеют цветковые растения, которые размножаются семенами, в то время как высшие споровые растения размножаются спорами.