Современная систематика вирусов сталкивается с рядом трудностей, включая:

Неспособность выращивать все виды вирусов в культуре, что затрудняет изучение и классификацию некоторых видов.

Высокая изменчивость вирусов и возможность их быстрого мутагенеза, что усложняет определение их родства и классификацию.

Недостаток универсальных источников данных обо всех вирусах, так как некоторые виды могут быть недоступны для исследований из-за их патогенности или других причин.

Неоднозначность в определении видовых границ и таксономических единиц у некоторых групп вирусов из-за их сложной эволюции и взаимодействия с хозяевами.

Отсутствие единого стандарта классификации вирусов, что порождает разнообразие систематических схем и классификаций, усложняющих сравнение данных и обмен информацией.

Большое количество новых видов, которые ежегодно открываются, требует постоянного обновления и расширения классификационной системы.