Had используется в past perfect для образования форм прошедшего совершенного времени, когда действие произошло до другого действия в прошлом. Пример: He had already left before I arrived.

Has используется в present perfect для обозначения действия, которое началось в прошлом и продолжается в настоящем, либо имеет отношение к настоящему времени. Пример: She has already finished her homework.