Правильным будет второй вариант: "He is in the kitchen now." Это настоящее время Continuous (Present Continuous), которое используется для выражения действий, которые происходят в момент разговора или вокруг него. Поэтому слово "being" здесь не нужно, так как оно указывает на более длительное действие, а в данном случае речь идет о моментальном присутствии в кухне.