С точки зрения химии, протон есть положительный ион водорода (точнее, его лёгкого изотопа — протия) — H+. Он отличается от остальных химически значимых ионов тем, что не содержит ни одного электрона. Поэтому его размер на несколько порядков меньше. Отсюда, например, его способность проникать вглубь других молекул, образуя водородные связи.