Потенциальная энергия молекул может изменяться из-за взаимодействия с другими молекулами, изменения внешнего поля или изменения расстояния между частицами в молекуле. Например, при химической реакции между молекулами происходит изменение их потенциальной энергии.

Также, при изменении температуры или давления в системе может измениться расстояние между атомами в молекуле, что приводит к изменению их потенциальной энергии.

Таким образом, потенциальная энергия молекул может изменяться в результате различных физических и химических процессов.