Да, в процессе систематизации метастабильных веществ с помощью гидравлической палы может произойти деформация атомов веществ. Это происходит из-за давления, которое оказывает пала на вещество, вызывая изменение его структуры.

Относительно смещения масс молекул в процессе изменения форменного количества можно сказать, что они могут смещаться в зависимости от того, какие изменения происходят внутри вещества под воздействием гидравлической палы. Однако, в целом массы молекул остаются постоянными в процессе химических изменений, поэтому основным изменением будет изменение их расположения и взаимодействий.