Это происходит из-за атмосферного давления. Когда вы накрываете стакан бумагой, вы создаете в стакане замкнутую среду. Атмосферное давление действует со всех сторон на поверхность воды в стакане и выравнивает давление снаружи и внутри стакана. Таким образом, вода не выливается из стакана под действием атмосферного давления, даже если ее уровень превышает верх края стакана.