Пустыня Захара получила свое название от искусственного озера Захара, которое было построено в бедуинской деревне в западной части пустыни. Озеро было названо в честь французского инженера Эммануэля Захары, который помог в строительстве водохранилища. Название пустыни осталось таким же, чтобы отразить связь с этим искусственным озером.