От морей:
- Связь с океаном: моря обычно сообщаются с мировым океаном (полузамкнутые или открытые); озёра — полностью или частично замкнутые водоёмы, не связаны с океаном (исключения: Каспий — пограничный случай).
- Состав воды: моря солёные, их солёность близка к океанической; озёра бывают пресными, слабосолёными или сильно солёными и часто имеют отличный ионный состав.
- Волны и приливы: в морях выражены океанические приливы и сильные волны/течения; в озёрах обычно нет океанических приливов (возможны мелкие колебания — сейши), волны и течения слабее.
- Масштаб и глубина: моря обычно шире и глубже; озёра — разнообразнее по размерам, часто мельче.
- Экосистемы и биота: из‑за солёности и связи с океаном состав организмов в морях отличается от озёрного.
От рек:
- Движение воды: реки — поточные (однонаправленное течение от истока к устью); озёра — стоячие или слаботекущие водоёмы (вход и выход воды через притоки/стоки).
- Формирование и резиденция воды: в реках быстрое обновление воды (короткое время пребывания); в озёрах вода задерживается дольше, формируется стратификация (тепловая/химическая).
- Осадки и наносы: в реках доминирует транспорт и перенос осадков; в озёрах осадки выпадают и накапливаются, береговая и донная морфология формируется осадконакоплением.
- Форма и план: реки узкие и вытянутые по течению; озёра более замкнутые, имеют разную форму и береговую линию.
- Биоразнообразие: реки приспособлены к жизни в потоке (дрейфующие организмы), озёра поддерживают сообщества стоячей воды (планктон, донные сообщества, прибрежная растительность).
Коротко: главное различие — связь с океаном и солёность (моря), характер движения воды и время её пребывания (реки против озёр), а также связанные с этим физические, химические и биологические особенности.