Крупнейшие озёра материка Африки, такие как Виктория, Танганьика и Малави, образовались в результате геологических процессов. Главным образом, эти озёра возникли из депрессий в земной коре, вызванных тектонической активностью. Например, озеро Танганьика возникло из отрыва земной коры и образования глубокой трещины, которая впоследствии заполнилась водой. Водоёмы также могут быть результатом ледникового действия или вулканической активности.

Также важной ролью в формировании озёр играют осадочные отложения, которые могут затруднить сток воды, тем самым создавая водоёмы. Со временем изменения климата и геологические процессы могут привести к изменению размеров и формы озёр, а также к их исчезновению или образованию новых.