Річка Ніл протікає через декілька країн, які знаходяться в різних кліматичних поясах. Найбільший вплив на клімат має виразно виражений сезонний монсунний клімат, характерний для субекваторіальних і тропічних поясів, уздовж Верхнього Нілу в Судані та вниз по Нижньому Нілу через Єгипет.