Основные истоки Енисея находятся в горах Сайан на высоте более 3000 метров над уровнем моря. Истоки реки образуются из снега и ледников, а также из подземных вод. Енисей берет начало из слияния реки Бидзы и реки Кызыл-Хем, после чего она начинает свой путь на север через Сибирское плато.