Причина различия в содержании солей в почвах средней и нижней части Зарафшанской долины связана с особенностями ее географии и климата. В верхней части долины расположены горные хребты, от которых стекает пресная речная вода, не содержащая большого количества солей. В результате почвы в средней части долины остаются незасоленными.

В нижней части долины, ближе к устью реки, происходит аккумуляция солей из воды, так как в этом месте вода испаряется быстрее, чем пресная вода поступает из гор. Это приводит к нарушению баланса солей в почвах и засолению почвенного слоя.

Таким образом, различие в засоленности почв средней и нижней частей Зарафшанской долины обусловлено географическими и климатическими факторами, воздействующими на накопление и распределение солей в почвах данного региона.