Да, есть различия в этих понятиях:

Протон и катион водорода - протон это элементарная частица, которая находится в ядре атома водорода и обладает положительным зарядом. Катион водорода - это ион водорода с положительным зарядом, образующийся при потере одного электрона.

Атом и катион натрия - атом натрия это элементарная частица натрия, содержащая протоны, нейтроны и электроны. Катион натрия - это ион натрия с положительным зарядом, который формируется при потере одного электрона атомом натрия.

Атом в составе графита и алмаза - графит и алмаз состоят из атомов углерода, но они имеют различную структуру. В графите атомы углерода образуют слои с шестиугольной решеткой, а в алмазе они образуют трехмерную кристаллическую решетку. В результате, алмаз является твердым материалом с высокой твердостью, а графит является мягким материалом с низкой твердостью.