Молекула отличается от атома тем, что молекула представляет собой группу атомов, связанных между собой химическими связями. Атом же является самой маленькой частицей элемента, которая сохраняет его химические свойства.

O и 5O являются атомами, так как представляют собой одиночные атомы кислорода. В то же время, O2 и 2O2 являются молекулами, так как представляют собой соединение двух атомов кислорода (молекула кислорода) и двух молекул кислорода соответственно.