Исследование: как строение и гибкость молекулы определяют её химическую устойчивость и реакционную способность — сравните бензо[a]пирен и парафиновые углеводороды относительно их склонности к окислению и биодеградации
Коротко о ключевой идее Молекулярная структура ароматичность,конъюгация,наличиереакционно−активныхгруппароматичность, конъюгация, наличие реакционно-активных группароматичность,конъюгация,наличиереакционно−активныхгрупп и гибкость/жёсткость свободныеротациивокругсвязей,доступностьатомовдляферментовирадикаловсвободные ротации вокруг связей, доступность атомов для ферментов и радикаловсвободныеротациивокругсвязей,доступностьатомовдляферментовирадикалов определяют две вещи: 1) как легко молекула реагирует с абиотическими окислителями OH⋅,O3,фотолиз,пероксидыOH·, O3, фотолиз, пероксидыOH⋅,O3,фотолиз,пероксиды и 2) насколько доступна она для ферментативного распада микроорганизмами. В общем: жесткая, плоская, сильно конъюгированная молекула с высоким сродством к органическому матриксу низкаяводорастворимость,высокийlogKowнизкая водорастворимость, высокий log Kowнизкаяводорастворимость,высокийlogKow — более устойчива и менее биоразлагаема, чем гибкая алкильная молекула аналогичной молекулярной массы.
Теперь сравним два примера — бензоaaaпирен BaPBaPBaP и парафиновые алкановыеалкановыеалкановые углеводороды.
Структурные особенности Бензоaaaпирен BaPBaPBaPПолициклический ароматический углеводород ПАУПАУПАУ из пяти слабо-замещённых конденсированных ароматических колец.Плоская, жёсткая структура, сильная делокализация π‑электронов резонанснаястабилизациярезонансная стабилизациярезонанснаястабилизация.Очень гидрофобен, сильная тенденция к адсорбции на органическом материале/частицах.Практически нет «свободных» ротаций или гибких участков.Парафиновые углеводороды н‑алкины/изоалкинын‑алкины/изоалкинын‑алкины/изоалкины
Несплошная non‑aromaticnon‑aromaticnon‑aromatic цепная структура, гибкая вращениявокругC–Cсвязейвращения вокруг C–C связейвращениявокругC–Cсвязей, возможны линейные и разветвлённые формы.Алканы менее конъюгированы, C–H связи не защищены резонансом; гидрофобность растёт с длиной цепи, но полярности и растворимости сильно зависят от длины/разветвлённости.Наличие вторичных/третичных углеродов даёт более реакционноспособные C–H взятыхрадикаламиилиферментамивзятых радикалами или ферментамивзятыхрадикаламиилиферментами.Склонность к абиотическому окислению фото−,атмосферное,химическоеокислениефото-, атмосферное, химическое окислениефото−,атмосферное,химическоеокисление
BaPРезонансная стабилизация ароматических колец делает прямую абстракцию ароматического H энергонеёмкой; однако реакция с радикалами OH⋅OH·OH⋅ обычно идёт через присоединение к π‑системе, а не простую абстракцию H.На свету UVUVUV ПАУ подвержены фотодиссоциации и фотоиндукованной трансформации, особенно когда находятся на поверхности воды или в аэрозолях; скорость зависит от локальной среды адсорбцияначастицахможетзащищатьадсорбция на частицах может защищатьадсорбцияначастицахможетзащищать.БаП мало реагирует с простыми окислителями при низкой активности менеереактивенкпрямойокиснойгидроксилациипосравнениюснекоторымиалканамиилилетучимиорганическимисоединениямименее реактивен к прямой окисной гидроксилации по сравнению с некоторыми алканами или летучими органическими соединениямименеереактивенкпрямойокиснойгидроксилациипосравнениюснекоторымиалканамиилилетучимиорганическимисоединениями, но может окисляться озоном и активными радикалами в атмосфере с образованием кислородсодержащих продуктов диолы,кето‑производныедиолы, кето‑производныедиолы,кето‑производные.Высокая стабильность делает его устойчивым в атмосфере и в матрицах, особенно в осадках/грунтах.Алканы парафиныпарафиныпарафины
Абстракция водорода радикалом например,OH⋅ватмосференапример, OH· в атмосференапример,OH⋅ватмосфере — типичный путь разрушения; скорость реакции зависит от типа C–H: третичные > вторичные > первичные.В атмосфере и при окислении радикалами алканы обычно реагируют быстрее, чем плоские высокомассовые ПАУ особеннодлясреднецепныхилёгкихалкановособенно для среднецепных и лёгких алкановособеннодлясреднецепныхилёгкихалканов.В водной/почвенной среде абиотическое окисление алканов менее распространено; но при наличии сильных окислителей пероксиды,озонпероксиды, озонпероксиды,озон они тоже окисляются.Разветвлённые алканы и насыщенные циклоалканы иногда более устойчивы к прогрессивному окислению, чем линейные вторичные/третичные C–H.
Итог по абиотике: средние и лёгкие алканы чаще и быстрее реагируют с атмосферными радикалами; BaP сопротивляется прямому окислению из‑за резонансной стабилизации, хотя под действием фотохимии и сильных окислителей он тоже трансформируется частомедленнеечасто медленнеечастомедленнее, причём продукты могут быть токсичными.
Склонность к биодеградации энзиматическийпутьэнзиматический путьэнзиматическийпуть
BaPПлоская конденсированная структура и сильная сорбция на органическом матриксе ограничивают биодоступность — ферменты труднее «подходят» к ядру.Биодеградация возможна, но обычно медленна: аэробные микроорганизмы бактерииигрибкибактерии и грибкибактерииигрибки используют кольцевые гидроксилазы/диоксигеназы ring‑hydroxylatingdioxygenases,CYP−подобныеферментыугрибовring‑hydroxylating dioxygenases, CYP-подобные ферменты у грибовring‑hydroxylatingdioxygenases,CYP−подобныеферментыугрибов, которые сначала добавляют O2 к кольцу дигидроксилированиедигидроксилированиедигидроксилирование, образуя диолы/дигидроксипроизводные, потом разрушают ароматическое кольцо и далее канонизируют в метаболиты цикла трикарбоновых кислот.Для BaP скорости биодеградации низки по нескольким причинам: малодоступность адсорбцияадсорбцияадсорбция, отсутствие легко окисляемых алкильных фрагментов, высокая стабильность π‑системы. В анаэробных условиях его разложение ещё более затруднено и требует специальных путей например,нитратные/сульфатредуцирующиесообществавыполняютсложныереакциисоченьнизкойскоростьюнапример, нитратные/сульфатредуцирующие сообщества выполняют сложные реакции с очень низкой скоростьюнапример,нитратные/сульфатредуцирующиесообществавыполняютсложныереакциисоченьнизкойскоростью.Биодеградация BaP часто приводит к образованию более полярных, но иногда и более токсичных метаболитов эпоксиды,диолыэпоксиды, диолыэпоксиды,диолы, особенно при биотрансформации у высших организмов CYP‑метаболизм→диол‑эпоксиды—причинакарциногенностиCYP‑метаболизм → диол‑эпоксиды — причина карциногенностиCYP‑метаболизм→диол‑эпоксиды—причинакарциногенности.Алканы Алканы — хорошие субстраты для многих аэробных бактерий; начальная реакция — гидроксилирование C–H с образованием спиртов, далее карбонов, ацил‑CoA и включение в центральный метаболизм.В аэробных условиях н‑алканы особенноC10–C20особенно C10–C20особенноC10–C20 часто хорошо разлагаются бактериями, обладающими алкангидроксилазами AlkBAlkBAlkB, ферментом LadA для очень длинных алканов и другими моноксигеназами/дегидрогеназами.Разветвлённость снижает скорость третичныецентрысложнееокисляютсяунекоторыхферментовтретичные центры сложнее окисляются у некоторых ферментовтретичныецентрысложнееокисляютсяунекоторыхферментов, очень длинные или очень короткие алканы и низкая растворимость могут ограничить биоразложение. Но вообще гибкость и доступность C–H делают алканы более биодеградируемыми, чем ПАУ того же расчётного веса.Анаэробная деградация алканов возможна механизмы:присоединениекфумаратуидр.механизмы: присоединение к фумарату и др.механизмы:присоединениекфумаратуидр., но значительно медленнее и требует специализированных сообществ.
Итог по биодеградации: алканы, особенно линейные и средней длины, гораздо легче и быстрее разлагаются аэробными микроорганизмами, тогда как BaP имеет высокую стойкость и низкую биодоступность — деградация идёт медленно, требует специализированных ферментов и часто предшествует медленная минерализация.
Роль гибкости/жёсткости Гибкость алканыалканыалканы обеспечивает:Лучшую «подгонку» в активные центры ферментов, доступ к реакционноспособным C–H;Большую вероятность контакта с растворенными ферментами, если молекула мобильна;Возможность более лёгкой физической дисперсии особеннодлянизкомолекулярныхалкановособенно для низкомолекулярных алкановособеннодлянизкомолекулярныхалканов — улучшает bioavailability.Жёсткость/планарность BaPBaPBaP даёт: Высокую резонансную стабилизацию и устойчивость к гомолитическому разрыву/абстракции H;Сильную сорбцию на матрицы, агрегацию π–πstackingπ–π stackingπ–πstacking, что снижает биодоступность;Ограничение «вставки» в активные центры ферментов, требующих частичной деформации субстрата.
Влияние физико‑химических параметров / последствия
Растворимость и распределение: BaP — почти нерастворимая, высокий log Kow → высокая сорбция в осадках и бионакопления; алканы — растворимость и летучесть зависят от длины: короткие — летучи/легко испаряются и окисляются в атмосфере; средне‑ и длинноцепочечные — накапливаются в почве/осадке, но обычно биоразлагаются быстрее, чем BaP.Токсичность/биоаккумуляция: BaP высоко биоаккумулирует и карциногенен опасендажепрималыхконцентрацияхопасен даже при малых концентрацияхопасендажепрималыхконцентрациях; продукты его окисления у организмов иногда более реакционноспособны образуютаддуктысДНКобразуют аддукты с ДНКобразуютаддуктысДНК. Алканы в общем менее токсичны, но длинноцепочечные парафины могут создавать проблемы физического характера засорениеит.п.засорение и т. п.засорениеит.п., некоторые из разветвлённых алканов устойчивы и накапливаются.
Практическое сравнение набросокнабросокнабросок
Скорость абиотического атмосферного разрушения: легкие/средние алканы > BaP всреднемв среднемвсреднем.Скорость аэробной микроорганизмами деградации в почве/воде: линейные алканы C10–C20C10–C20C10–C20 >> BaP.Биодоступность в матрице: алканы особеннокороткие/средниеособенно короткие/средниеособеннокороткие/средние > BaP.Персистентность в осадках/грунтах: BaP >> большинство парафинов заисключениемоченьтяжёлых/сильноразветвлённыхпарафиновза исключением очень тяжёлых/сильно разветвлённых парафиновзаисключениемоченьтяжёлых/сильноразветвлённыхпарафинов.
Ключевые факторы, которые делают BaP более стойким, чем парафины:
Конъюгация и резонансная стабилизация π‑системы;Плоская, жёсткая геометрия — меньше взаимодействий с ферментами;Сильная сорбция/агрегация → низкая биодоступность;Меньше «слабых» C–H звеньев, легко доступных для радикальной или ферментативной атаки.
Факторы, которые делают алканы более уязвимыми:
Наличие «свободных» алкильных C–H, доступных для гидроксилирования;Гибкость, позволяющая встраиваться в активный центр фермента;Широкое распространение микроорганизмов с алкангидроксилазами;Для коротких алканов — высокая летучесть и реакция в атмосфере.
Короткое резюме
Бензоaaaпирен — тяжёлый, плоский ПАУ; очень гидрофобен, сильно сорбируется, резистентен к большинству абиотических и биотических путей разрушения; разлагается медленно, часто образуя токсичные метаболиты.Парафиновые алкановыеалкановыеалкановые углеводороды в целом более реакционноспособны относительно радикального/ферментативного окисления; линейные алканы средней длины хорошо биодеградируются аэробными микроорганизмами; разветвлённость и очень большая молекулярная масса уменьшают скорость распада.
Если нужно, могу:
Привести конкретные ферменты/микроорганизмы, способные разрушать BaP и алканы;Обсудить кинетику разложения в атмосфере и в почве/осадках;Привести типичные значения log Kow, растворимости и ожидаемое время полураспада в разных средах.
Коротко о ключевой идее
Молекулярная структура ароматичность,конъюгация,наличиереакционно−активныхгруппароматичность, конъюгация, наличие реакционно-активных группароматичность,конъюгация,наличиереакционно−активныхгрупп и гибкость/жёсткость свободныеротациивокругсвязей,доступностьатомовдляферментовирадикаловсвободные ротации вокруг связей, доступность атомов для ферментов и радикаловсвободныеротациивокругсвязей,доступностьатомовдляферментовирадикалов определяют две вещи: 1) как легко молекула реагирует с абиотическими окислителями OH⋅,O3,фотолиз,пероксидыOH·, O3, фотолиз, пероксидыOH⋅,O3,фотолиз,пероксиды и 2) насколько доступна она для ферментативного распада микроорганизмами. В общем: жесткая, плоская, сильно конъюгированная молекула с высоким сродством к органическому матриксу низкаяводорастворимость,высокийlogKowнизкая водорастворимость, высокий log Kowнизкаяводорастворимость,высокийlogKow — более устойчива и менее биоразлагаема, чем гибкая алкильная молекула аналогичной молекулярной массы.
Теперь сравним два примера — бензоaaaпирен BaPBaPBaP и парафиновые алкановыеалкановыеалкановые углеводороды.
Структурные особенностиБензоaaaпирен BaPBaPBaPПолициклический ароматический углеводород ПАУПАУПАУ из пяти слабо-замещённых конденсированных ароматических колец.Плоская, жёсткая структура, сильная делокализация π‑электронов резонанснаястабилизациярезонансная стабилизациярезонанснаястабилизация.Очень гидрофобен, сильная тенденция к адсорбции на органическом материале/частицах.Практически нет «свободных» ротаций или гибких участков.Парафиновые углеводороды н‑алкины/изоалкинын‑алкины/изоалкинын‑алкины/изоалкины Несплошная non‑aromaticnon‑aromaticnon‑aromatic цепная структура, гибкая вращениявокругC–Cсвязейвращения вокруг C–C связейвращениявокругC–Cсвязей, возможны линейные и разветвлённые формы.Алканы менее конъюгированы, C–H связи не защищены резонансом; гидрофобность растёт с длиной цепи, но полярности и растворимости сильно зависят от длины/разветвлённости.Наличие вторичных/третичных углеродов даёт более реакционноспособные C–H взятыхрадикаламиилиферментамивзятых радикалами или ферментамивзятыхрадикаламиилиферментами.Склонность к абиотическому окислению фото−,атмосферное,химическоеокислениефото-, атмосферное, химическое окислениефото−,атмосферное,химическоеокисление BaPРезонансная стабилизация ароматических колец делает прямую абстракцию ароматического H энергонеёмкой; однако реакция с радикалами OH⋅OH·OH⋅ обычно идёт через присоединение к π‑системе, а не простую абстракцию H.На свету UVUVUV ПАУ подвержены фотодиссоциации и фотоиндукованной трансформации, особенно когда находятся на поверхности воды или в аэрозолях; скорость зависит от локальной среды адсорбцияначастицахможетзащищатьадсорбция на частицах может защищатьадсорбцияначастицахможетзащищать.БаП мало реагирует с простыми окислителями при низкой активности менеереактивенкпрямойокиснойгидроксилациипосравнениюснекоторымиалканамиилилетучимиорганическимисоединениямименее реактивен к прямой окисной гидроксилации по сравнению с некоторыми алканами или летучими органическими соединениямименеереактивенкпрямойокиснойгидроксилациипосравнениюснекоторымиалканамиилилетучимиорганическимисоединениями, но может окисляться озоном и активными радикалами в атмосфере с образованием кислородсодержащих продуктов диолы,кето‑производныедиолы, кето‑производныедиолы,кето‑производные.Высокая стабильность делает его устойчивым в атмосфере и в матрицах, особенно в осадках/грунтах.Алканы парафиныпарафиныпарафины Абстракция водорода радикалом например,OH⋅ватмосференапример, OH· в атмосференапример,OH⋅ватмосфере — типичный путь разрушения; скорость реакции зависит от типа C–H: третичные > вторичные > первичные.В атмосфере и при окислении радикалами алканы обычно реагируют быстрее, чем плоские высокомассовые ПАУ особеннодлясреднецепныхилёгкихалкановособенно для среднецепных и лёгких алкановособеннодлясреднецепныхилёгкихалканов.В водной/почвенной среде абиотическое окисление алканов менее распространено; но при наличии сильных окислителей пероксиды,озонпероксиды, озонпероксиды,озон они тоже окисляются.Разветвлённые алканы и насыщенные циклоалканы иногда более устойчивы к прогрессивному окислению, чем линейные вторичные/третичные C–H.
Итог по абиотике: средние и лёгкие алканы чаще и быстрее реагируют с атмосферными радикалами; BaP сопротивляется прямому окислению из‑за резонансной стабилизации, хотя под действием фотохимии и сильных окислителей он тоже трансформируется частомедленнеечасто медленнеечастомедленнее, причём продукты могут быть токсичными.
Склонность к биодеградации энзиматическийпутьэнзиматический путьэнзиматическийпуть BaPПлоская конденсированная структура и сильная сорбция на органическом матриксе ограничивают биодоступность — ферменты труднее «подходят» к ядру.Биодеградация возможна, но обычно медленна: аэробные микроорганизмы бактерииигрибкибактерии и грибкибактерииигрибки используют кольцевые гидроксилазы/диоксигеназы ring‑hydroxylatingdioxygenases,CYP−подобныеферментыугрибовring‑hydroxylating dioxygenases, CYP-подобные ферменты у грибовring‑hydroxylatingdioxygenases,CYP−подобныеферментыугрибов, которые сначала добавляют O2 к кольцу дигидроксилированиедигидроксилированиедигидроксилирование, образуя диолы/дигидроксипроизводные, потом разрушают ароматическое кольцо и далее канонизируют в метаболиты цикла трикарбоновых кислот.Для BaP скорости биодеградации низки по нескольким причинам: малодоступность адсорбцияадсорбцияадсорбция, отсутствие легко окисляемых алкильных фрагментов, высокая стабильность π‑системы. В анаэробных условиях его разложение ещё более затруднено и требует специальных путей например,нитратные/сульфатредуцирующиесообществавыполняютсложныереакциисоченьнизкойскоростьюнапример, нитратные/сульфатредуцирующие сообщества выполняют сложные реакции с очень низкой скоростьюнапример,нитратные/сульфатредуцирующиесообществавыполняютсложныереакциисоченьнизкойскоростью.Биодеградация BaP часто приводит к образованию более полярных, но иногда и более токсичных метаболитов эпоксиды,диолыэпоксиды, диолыэпоксиды,диолы, особенно при биотрансформации у высших организмов CYP‑метаболизм→диол‑эпоксиды—причинакарциногенностиCYP‑метаболизм → диол‑эпоксиды — причина карциногенностиCYP‑метаболизм→диол‑эпоксиды—причинакарциногенности.АлканыАлканы — хорошие субстраты для многих аэробных бактерий; начальная реакция — гидроксилирование C–H с образованием спиртов, далее карбонов, ацил‑CoA и включение в центральный метаболизм.В аэробных условиях н‑алканы особенноC10–C20особенно C10–C20особенноC10–C20 часто хорошо разлагаются бактериями, обладающими алкангидроксилазами AlkBAlkBAlkB, ферментом LadA для очень длинных алканов и другими моноксигеназами/дегидрогеназами.Разветвлённость снижает скорость третичныецентрысложнееокисляютсяунекоторыхферментовтретичные центры сложнее окисляются у некоторых ферментовтретичныецентрысложнееокисляютсяунекоторыхферментов, очень длинные или очень короткие алканы и низкая растворимость могут ограничить биоразложение. Но вообще гибкость и доступность C–H делают алканы более биодеградируемыми, чем ПАУ того же расчётного веса.Анаэробная деградация алканов возможна механизмы:присоединениекфумаратуидр.механизмы: присоединение к фумарату и др.механизмы:присоединениекфумаратуидр., но значительно медленнее и требует специализированных сообществ.
Итог по биодеградации: алканы, особенно линейные и средней длины, гораздо легче и быстрее разлагаются аэробными микроорганизмами, тогда как BaP имеет высокую стойкость и низкую биодоступность — деградация идёт медленно, требует специализированных ферментов и часто предшествует медленная минерализация.
Роль гибкости/жёсткостиГибкость алканыалканыалканы обеспечивает:Лучшую «подгонку» в активные центры ферментов, доступ к реакционноспособным C–H;Большую вероятность контакта с растворенными ферментами, если молекула мобильна;Возможность более лёгкой физической дисперсии особеннодлянизкомолекулярныхалкановособенно для низкомолекулярных алкановособеннодлянизкомолекулярныхалканов — улучшает bioavailability.Жёсткость/планарность BaPBaPBaP даёт:
Высокую резонансную стабилизацию и устойчивость к гомолитическому разрыву/абстракции H;Сильную сорбцию на матрицы, агрегацию π–πstackingπ–π stackingπ–πstacking, что снижает биодоступность;Ограничение «вставки» в активные центры ферментов, требующих частичной деформации субстрата.
Влияние физико‑химических параметров / последствия
Растворимость и распределение: BaP — почти нерастворимая, высокий log Kow → высокая сорбция в осадках и бионакопления; алканы — растворимость и летучесть зависят от длины: короткие — летучи/легко испаряются и окисляются в атмосфере; средне‑ и длинноцепочечные — накапливаются в почве/осадке, но обычно биоразлагаются быстрее, чем BaP.Токсичность/биоаккумуляция: BaP высоко биоаккумулирует и карциногенен опасендажепрималыхконцентрацияхопасен даже при малых концентрацияхопасендажепрималыхконцентрациях; продукты его окисления у организмов иногда более реакционноспособны образуютаддуктысДНКобразуют аддукты с ДНКобразуютаддуктысДНК. Алканы в общем менее токсичны, но длинноцепочечные парафины могут создавать проблемы физического характера засорениеит.п.засорение и т. п.засорениеит.п., некоторые из разветвлённых алканов устойчивы и накапливаются.Практическое сравнение набросокнабросокнабросок
Скорость абиотического атмосферного разрушения: легкие/средние алканы > BaP всреднемв среднемвсреднем.Скорость аэробной микроорганизмами деградации в почве/воде: линейные алканы C10–C20C10–C20C10–C20 >> BaP.Биодоступность в матрице: алканы особеннокороткие/средниеособенно короткие/средниеособеннокороткие/средние > BaP.Персистентность в осадках/грунтах: BaP >> большинство парафинов заисключениемоченьтяжёлых/сильноразветвлённыхпарафиновза исключением очень тяжёлых/сильно разветвлённых парафиновзаисключениемоченьтяжёлых/сильноразветвлённыхпарафинов.Ключевые факторы, которые делают BaP более стойким, чем парафины:
Конъюгация и резонансная стабилизация π‑системы;Плоская, жёсткая геометрия — меньше взаимодействий с ферментами;Сильная сорбция/агрегация → низкая биодоступность;Меньше «слабых» C–H звеньев, легко доступных для радикальной или ферментативной атаки.Факторы, которые делают алканы более уязвимыми:
Наличие «свободных» алкильных C–H, доступных для гидроксилирования;Гибкость, позволяющая встраиваться в активный центр фермента;Широкое распространение микроорганизмов с алкангидроксилазами;Для коротких алканов — высокая летучесть и реакция в атмосфере.Короткое резюме
Бензоaaaпирен — тяжёлый, плоский ПАУ; очень гидрофобен, сильно сорбируется, резистентен к большинству абиотических и биотических путей разрушения; разлагается медленно, часто образуя токсичные метаболиты.Парафиновые алкановыеалкановыеалкановые углеводороды в целом более реакционноспособны относительно радикального/ферментативного окисления; линейные алканы средней длины хорошо биодеградируются аэробными микроорганизмами; разветвлённость и очень большая молекулярная масса уменьшают скорость распада.Если нужно, могу:
Привести конкретные ферменты/микроорганизмы, способные разрушать BaP и алканы;Обсудить кинетику разложения в атмосфере и в почве/осадках;Привести типичные значения log Kow, растворимости и ожидаемое время полураспада в разных средах.