Пептиды могут называться по различным критериям, таким как химический состав, длина цепи аминокислот, функциональное назначение. Обычно наименование пептида начинается с префикса "пептид", за которым следует номер и описание или название. Например, пептид с антибактериальными свойствами может быть назван "пептид-антибактериальный".