Да, есть разница между мономером и молекулой.

Мономером называется молекула, из которой образуется полимер в результате полимеризации. Мономеры могут объединяться в цепочку или сеть и образовывать полимеры.

Молекула же - это самостоятельная частица вещества, состоящая из атомов, объединенных химическими связями. Молекулы могут быть однородными (из одинаковых атомов) или гетерогенными (из разных атомов).

Таким образом, мономер - это молекула, из которой образуется полимер, в то время как молекула может быть любой химической частицей вещества.