Методы дифракции рентгеновских лучей, которые позволяют непосредственно наблюдать структуру кристаллов и молекул.

Эффект Брауна движения, который наблюдается в жидкостях и газах и объясняется взаимодействием молекул или атомов.

Методы сканирующей туннельной микроскопии, позволяющие видеть и манипулировать отдельными атомами на поверхности материала.

Химические реакции и законы сохранения массы и энергии, которые были разработаны с учетом существования атомов и молекул.

Спектральный анализ, показывающий зоны поглощения и излучения света различными материалами, связанными с их структурой на молекулярном уровне.