Основные свойства пиридина выражены сильнее, чем у пиримидина, из-за различия в структуре молекул. В пиридине азот находится в ароматическом кольце, что делает его более стабильным и более щелочным. В то время как в пиримидине азот находится в циклической структуре с карбонилной группой, что делает молекулу менее щелочной и менее реакционной. Кроме того, наличие двух азотов в пиримидине может привести к электронным эффектам, которые могут снизить базические свойства молекулы.