Субстраты щелочной фосфатазы включают органические молекулы, такие как фосфопротеины, фосфолипиды, нуклеотиды и другие фосфорсодержащие соединения. Это фермент, который катализирует гидролиз и удаление остатков фосфата из различных молекул, играя важную роль в регуляции метаболизма фосфора и биосинтеза нуклеотидов.